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VEGETACIÓN
El parque nacional es el remanente más importante de bosques de coníferas y praderas de alta montaña en el centro del país. Su importancia radica no sólo en la extensión de bosques en buen estado de conservación (más de 21,000 hectáreas de bosque conservado que representan 52.72% de la superficie total del parque), sino en la diversidad de su flora y fauna.
La distribución de la vegetación en esta zona atiende a la altitud, de modo que pueden distinguirse tres pisos fundamentales de vegetación. Los bosques de coníferas son la vegetación dominante, seguidas por la pradera de alta montaña o pastizal alpino, vegetación herbácea de no más de 50 cm de altura que colinda con las nieves perpetuas. Entre estas dos zonas existe un ecotono en buen estado de conservación. Es una franja de aproximadamente 100 metros (50 hacia el bosque y 50 hacia el zacatonal) cuya principal característica es ser zona de transición entre las dos zonas de vegetación descritas. Las principales especies de este ecotono son la jarilla, cardo santo, lupinus y gordolobo. Cabe mencionar que la población que circunda el parque conoce el uso medicinal de muchas de estas herbáceas y arbustivas que se presentan abundantemente en la región.
Entre la primera zona y el ecotono se encuentra una gran variedad de hongos. Se han registrado 74 especies de hongos en toda el área del parque. La recolección de estos organismos se ha practicado de manera tradicional para autoconsumo desde tiempo inmemorial; sin embargo, su demanda con fines comerciales ha ido en rápido aumento, lo que aunado al desorden de la actividad ha provocando su sobreexplotación, poniendo a algunas especies en riesgo de extinción (cinco especies de hongos se encuentran amenazados y una está bajo protección especial). Esta problemática también se observa para las plantas medicinales.
Bosques
Hasta los 3,100 m de altitud se encuentran asociaciones dominadas por P. montezumae. Forman un dosel de 20 a 30 m sobre el nivel del suelo frecuentemente asociado con especies de los géneros Quercus, Abies, Arbutus, Alnus, Salix y Buddleia en la zona del Popocatépetl. Por su parte, en Zoquiapan la distribución del bosque de pino, dominado por las especies de Pinus hartwegii, P. montezumae, se asocia más a las condiciones de suelos profundos o someros pero con bastante materia orgánica.
Se establecen asociaciones vegetales de transición entre Pinus y Abies lo que implica que son zonas de amplia diversidad florística y ecológica conformando rodales mixtos de Pinus ayacahuite con Abies religiosa. En esta zona de ecotono también es frecuente la asociación de Pinus montezumae con Pinus hartwegii. En estos bosques el dosel no es muy cerrado, lo que permite el establecimiento y desarrollo de diversas especies arbóreas, arbustivas y herbáceas. Entre los géneros mejor representados pueden citarse: Pinus, Senecio, Ribes, Muhlenbergia, Agrostis, Lupinus y Festuca.
En las partes más elevadas y abruptas hacia los 3,600 msnm se establece el bosque de P. hartwegii tolerante a las temperaturas bajas, frecuentes nevadas y probablemente uno de los pinos más adaptados a los incendios superficiales. En las partes bajas de su área de distribución forma rodales abiertos con árboles entre 15 y 20 m de altura, asociados con zacatonal denso y leguminosas como Lupinus spp., pero hacia las partes más elevadas (4,000 msnm), con frecuencia constituye un bosque achaparrado (de 5 a 8 m de alto) y más bien abierto, auque algunos individuos aislados pueden encontrase en los 4,200 msnm, que es el límite altitudinal arbóreo en México.

La especie dominante de los bosques de oyamel es la conífera Abies religiosa. Tiene un rango altitudinal entre 2,400 a 3,500 msnm. El dosel suele estar entre los 20 y 40 m sobre el nivel del suelo. Los suelos son típicamente profundos, bien drenados pero húmedos todo el año. En muchos sitios se hallan limitados a cañadas o barrancas más o menos profundas que ofrecen un microclima especial. No se desarrollan sobre terrenos planos o poco inclinados, pero tal hecho quizá está en función de la escasez de estos terrenos en la zona montañosa y en parte a la influencia humana.
Las asociaciones de bosques de encino son todavía más complejas que las del pino y se entremezclan con otros tipos de vegetación. De 2,400 a 3,100 msnm se encuentra la asociación de Q. laurina con Q. crassifolia, Q. rugosa, Abies, Arbutus, Juniperus y Pinus.
Zacatonal y pastizales alpino y subalpino
Los zacates del parque se consideran en buen estado; hay una combinación de zacatonales primigenios y zacatonales secundarios como consecuencia de la introducción de zacatales destinados a la ganadería, los cuales han resultado buenos para la engorda del ganando a los 4,000 msnm.
El pastizal alpino se establece entre los 4,000 y los 4,500 msnm. Bajo este rubro se consideran las asociaciones de vegetación en que dominan las gramíneas amacolladas. Así, se distinguen al menos dos grandes comunidades vegetales: el zacatonal, que se desarrolla en los llanos sobre sitios bajos y mal drenados, dedicados históricamente al pastoreo de ganado, donde predominan gramíneas que rara vez exceden los 30 cm de alto o estoloníferas de los géneros: Agrostis, Bromas, Calamagrostis, Festuca, Muhlenbergia y Poa y ciperáceas como Carex peucophila. Y el pastizal subalpino y alpino que se distribuye por arriba del límite arbóreo y constituye vegetación clímax. Las especies dominantes en las distintas asociaciones del zacatonal son: Calamagrostis tolucensis, Festuca hephaestophila, F. livida, F. tolucensis, Muhlenbergia macroura y M. quadridentata.
Los pastizales subalpinos se caracterizan por la presencia de gramíneas amacolladas que oscilan entre 60 y 120 cm de altura y se localizan en altitudes de 2,700 a 4,300 metros. Los pastizales de CalamAgrostis tolucensis y Festuca tolucensis se distribuyen en altitudes de 3,500 a 3,600 m. Ocupan especialmente los valles en el interior de los conos de volcanes donde existen suelos profundos con drenaje deficiente. Los zacatonales de Muhlenbergia macroura y M. quadridentata se establecen sobre laderas y valles, dentro del rango altitudinal que va de 3,200 a 3,500 m de altitud. Festuca amplissima y Stipa ichu son la especies dominantes en los zacatonales de altitudes que van de 2,500 a 3,300 m, principalmente en claros de bosques de oyamel y de pino.

El recurso forestal
La totalidad de la superficie del parque es suelo de conservación, por lo que no se autoriza ningún permiso de extracción forestal. La tala que se llega a dar dentro del parque es tala clandestina y está penada por la ley. Sin embargo, en el área de influencia del parque, los ejidos y comunidades tienen permisos de aprovechamientos forestales emitidos por la SEMARNAT, por lo que son aprovechamientos regulados que no ponen en serio riesgo a los ecosistemas.
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