Para su adecuado manejo, el parque nacional está dividido en tres subzonas: i) subzona de preservación, son aquellas superficies en buen estado de conservación que contienen ecosistemas relevantes o frágiles, o fenómenos naturales relevantes, ii) subzona de recuperación, aquellas superficies en donde los recursos naturales han resultado severamente alterados o modificados y por lo tanto son objeto de programas de recuperación y rehabilitación y, iii) subzona de uso público, aquellas superficies que presentan atractivos naturales para la realización de actividades de recreación y esparcimiento públicos, en donde es posible mantener concentraciones de visitantes, en los límites que se determinen con base en la capacidad de carga de los ecosistemas.

En la subzona de recuperación se llevan a cabo los trabajos de restauración ecológica, una actividad compleja, a largo plazo y muy costosa, que nos hace partir de la premisa que siempre es mejor conservar los ecosistemas que tener que restaurarlos.

La restauración consiste fundamentalmente en trabajos de forestación y reforestación; incluye la construcción de zanjas captadoras de agua y presas de morillos para retención de suelo y agua. Para lograr una buena sobrevivencia de la planta, ésta se monitorea constantemente y se protege de las amenazas externas como los incendios y el pastoreo, por lo que el área se aísla con un cerco de púas y brechas cortafuego.
Los trabajos de restauración en el parque nacional iniciaron en el año 2001 y hasta la fecha se han invertido en ello alrededor de 50 millones de pesos, lo que ha implicado:

Uno de los problemas más añejos que incide en la degradación del parque y amenaza la restauración, es la ganadería extensiva que comúnmente se practica en la región. El ganado compacta el suelo impidiendo la circulación del aire y el agua vitales para los procesos químicos y el desarrollo de las raíces haciéndolo susceptible a enfermedades, impide el progreso de la reforestación, ocasiona daños al arbolado adulto, propicia la erosión, la muerte de renuevo y contamina las aguas con las heces fecales; también es causa de muchos incendios cuando el pastizal es quemado, con la intención de que rebrote, y el fuego se sale de control. Atendiendo a esta preocupación, desde fines de 2006 el parque trabaja en un programa de atención integral que busca erradicar al ganado del área protegida; se pide a los ganaderos que retiren sus animales de manera voluntaria y a cambio de ello se les apoya, a través de programas como el PET y el PROCODES, para crear zonas de pastoreo semintensivo fuera del parque con la doble intención de mejorar la rentabilidad de la actividad ganadera y disminuir la presión sobre los recursos del área protegida. Este programa incluye la construcción de trampas para capturar al ganado.

Con estas acciones hemos visto disminuir el número y la superficie afectada por incendios forestales. Al erradicarse la vieja práctica de quema de zacatón a principios de primavera se ha reducido de manera drástica la presencia de los incendios y se ha elevado el porcentaje de sobrevivencia en las áreas reforestadas.

La actividad de restauración dentro del parque nacional ha tenido un importante impulso gracias a las aportaciones de diversas empresas quienes invierten, a través de OSC, en proyectos de restauración específicos.