Este parque nacional sufre, como todas las áreas protegidas de nuestro país, amenazas de diverso tipo que atentan contra su conservación. A continuación se presentan los principales aspectos que generan presión sobre el parque y que frenan el buen manejo del mismo.

Tenencia de la tierra

La totalidad de la superficie del parque son terrenos nacionales producto de la declaratoria como área protegida. El decreto presidencial del 7 de noviembre de 1935, mediante el cual se crea el parque nacional, establece claramente que la “conservación forestal no puede obtenerse de una manera eficaz si prevalecen los intereses privados vinculados a la propiedad comunal, ejidal o de particulares”, por lo que fueron expropiados todos aquellos terrenos comunales y ejidales, aquí no había propiedad particular, que estaban dentro de los límites establecidos en la declaratoria.

Sin embargo hay una problemática muy compleja pues los terrenos no fueron indemnizados conforme a lo establecido en el mismo decreto que a la letra dice: “la Secretaría de Hacienda y Crédito Público procederá conforme a la ley a la indemnización correspondiente a la expropiación de los terrenos”. Esta situación ha propiciado, a lo largo del tiempo, diversas inconformidades de ejidatarios y comuneros y una mala percepción hacia el área protegida. Por otro lado, hay ejidos que fueron dotados después de que ya existía el parque nacional, lo que representa una problemática mayor.

Dada esta situación, la mayor problemática social que enfrenta el parque es la que tiene que ver con la tenencia de la tierra, ya que hay diversos litigios en curso.

Sin embargo, en los últimos años se han firmado deslindes realizados por el Programa de Certificación de Derechos Agrarios (PROCEDE) en donde las autoridades ejidales y comunales reconocen la superficie del área protegida; aunque las comunidades de Tlalmanalco, Amecameca y Coatepec han dejado sentado en las actas de deslinde su reclamo por la  indemnización no pagada.