Otro factor nocivo al bosque es el relacionado con la zona metropolitana de la Ciudad de México y la contaminación atmosférica que ésta genera. El Centro de Ciencias de la Atmósfera de la UNAM realiza un monitoreo que refleja que hay retención de copa de la masa arbórea, pérdida de hojas, bandeo clorótico y baja tasa de sobrevivencia de la regeneración natural, entre otros efectos acumulativos en los bosques de la región.